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生物素-吲哚-3-甲醛,Biotin-Indole-3-carboxaldehyde,biotin标记小分子化合物

2025年10月20日 10:15 来源:

一、先明确两个核心组分:吲哚 - 3 - 甲醛与生物素


在分析 “生物素 - 吲哚 - 3 - 甲醛” 前,需先厘清其两个 “构成单元” 的本质 —— 二者均为具有明确结构和功能的小分子化合物,其中吲哚 - 3 - 甲醛是活性功能单元,生物素是 “靶向 / 标记” 功能单元。


1. 吲哚 - 3 - 甲醛(Indole-3-carboxaldehyde,简称 I3C

吲哚 - 3 - 甲醛是天然吲哚类化合物的衍生物,是理解整个偶联分子的核心基础,其关键信息如下:

化学本质:含吲哚环(由苯环和吡咯环稠合而成)的醛类小分子,分子式为C9H7NO,分子量 145.16 g/mol,结构中核心官能团是吲哚环(提供生物活性) 和醛基(-CHO,用于与生物素偶联) 。

来源:天然存在于十字花科蔬菜(如西兰花、甘蓝、萝卜)中,是吲哚 - 3 - 甲醇(I3C)在酸性条件(如人体胃内)的自发降解产物之一。

核心功能:具有明确的生物活性,如调节细胞凋亡、抑制炎症反应、调控芳烃受体(AhR)信号通路,在肿瘤研究、免疫调节等领域是常见的 “活性小分子探针”。

物理化学性质:

外观:淡黄色至浅棕色结晶粉末;

溶解性:难溶于水,易溶于乙醇、二氯甲烷、 DMSO(二甲基亚砜)等有机溶剂;

稳定性:醛基易被氧化(生成吲哚 - 3 - 羧酸)或还原(生成吲哚 - 3 - 甲醇),需避光、密封储存。

2. 生物素(Biotin,又称维生素 B7、维生素 H

生物素是水溶性维生素,在 “生物素 - 吲哚 - 3 - 甲醛” 中主要承担 “靶向递送” 或 “分子标记” 功能,而非直接提供活性:

化学本质:含 “脲基 - 噻吩环 - 戊酸侧链” 结构的小分子,分子式

C10H16N2O3S,分子量 244.31 g/mol,核心官能团是羧基(-COOH,用于与吲哚 - 3 - 甲醛偶联) 和脲基(与亲和素 / 链霉亲和素强结合,用于后续检测) 。


核心功能:

生物学上是羧化酶的辅酶,参与脂肪、糖的代谢;

化学 / 生物学研究中,因能与亲和素(Avidin/ 链霉亲和素(Streptavidin) 形成极强的非共价键(解离常数

Kd1015

 

 M),常作为 “分子标签”—— 偶联到活性分子上,实现对活性分子的 “定位追踪”“靶向富集” 或 “分离纯化”。


二、“生物素 - 吲哚 - 3 - 甲醛”:如何实现分子构建?

“生物素 - 吲哚 - 3 - 甲醛” 并非天然存在的分子,而是通过化学合成将 “生物素” 与 “吲哚 - 3 - 甲醛” 通过 “连接臂(Linker)” 共价偶联形成的 “功能化探针分子” ,其构建逻辑围绕 “保留双方核心功能” 展开 —— 既不破坏吲哚 - 3 - 甲醛的醛基 / 吲哚环(保证生物活性),也不破坏生物素的脲基 / 羧基(保证亲和素结合能力)。


1. 偶联的核心化学反应:“胺 - 醛缩合” 或 “酰胺化 + 缩合”


偶联的关键是利用双方的 “可反应官能团”:吲哚 - 3 - 甲醛的醛基(-CHO) 与生物素侧链修饰后的氨基(-NH2) 发生 “席夫碱缩合反应(Schiff Base Reaction)”,具体步骤分两步:


第一步:生物素的预处理 —— 引入氨基连接臂天然生物素的末端是羧基(-COOH),无法直接与醛基反应,需先通过 “酰胺化反应” 将其羧基与含氨基的 “连接臂”(如乙二胺、6 - 氨基己酸、PEG 类柔性链)偶联,得到 “生物素 - 连接臂 - NH2”(保留生物素的脲基,新增可反应的氨基)。选择 “连接臂” 的目的是避免两个分子直接相连导致的 “空间位阻”—— 柔性连接臂(如 PEG 链)可让吲哚 - 3 - 甲醛的活性位点(吲哚环)自由结合靶蛋白,同时不影响生物素与亲和素的结合。


第二步:与吲哚 - 3 - 甲醛偶联 —— 席夫碱缩合“生物素 - 连接臂 - NH2” 中的氨基(-NH2)与吲哚 - 3 - 甲醛的醛基(-CHO)在弱酸性条件(如 pH 4-6)下反应:

环,生成的产物是 “生物素 - 连接臂 - N=CH - 吲哚环”,即 “生物素 - 吲哚 - 3 - 甲醛偶联物”,核心共价键是亚胺键(-C=N-) 。若需提高稳定性,还可进一步将亚胺键还原为饱和的亚甲基键(-CH2-NH-),使用还原剂如硼氢化钠(NaBH4)或氰基硼氢化钠(NaBH3CN),最终得到更稳定的 “还原型偶联物”。


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